Le 
conseil d’administration de FNE Pays de la Loire se compose en 2021 de 14 administrateurs élus en assemblée générale. Ils représentent les fédérations départementales et les associations régionales adhérentes à FNE Pays de la Loire. Le Bureau de FNE Pays de la Loire est composé des administrateurs suivants:
Président : Jean-Christophe GAVALLET
Vice-président : Yves LE QUELLEC
Secrétaire : Benoît DUCHENNE
Trésorier : Jean-Marc LALLOZ
Trésorière-adjointe : Catherine BELIN
L’équipe salariée se compose de 3 salarié(e)s :
- Xavier MÉTAY, coordinateur
- Benjamin HOGOMMAT, responsable « Juridique »
- Noémie MOREL, chargée de mission « Eau et Littoral »
FNE Pays de la Loire accueille également actuellement :
- deux volontaires en service civique : Théo DUBÉ, en charge de l’animation de la plateforme Sentinelles de la Nature, et Alyssia AFONSO, en charge du projet Eco-gestes et en appui à l’animation de la vie associative
- une stagiaire juriste : Pauline GARZITTO, étudiante en Master 2 droit de l’environnement de Nantes